Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) juga telah melakukan penyelidikan pro justitia terhadap peristiwa pelanggaran HAM lainnya yang terjadi di bulan September, seperti Peristiwa Semanggi II 1999 (termasuk dalam berkas Trisakti, Semanggi I 1998 dan II 1999) serta Peristiwa 1965-1966. Hasil penyelidikan ini seharusnya ditindaklanjuti oleh Jaksa Agung dengan melaksanakan penyidikan dan penuntutan sesuai dengan Pasal 21 dan 23 UU No. 26 Tahun 2000.
Namun, sejak tahun 2002, Jaksa Agung menolak untuk melanjutkan hasil penyelidikan Komnas HAM ke tahap penyidikan dan penuntutan di Pengadilan HAM dengan alasan-alasan yang tidak konsisten, seperti ketidaklengkapan syarat formil dan materil, serta alasan politis seperti belum adanya rekomendasi DPR dan keputusan Presiden mengenai pembentukan Pengadilan HAM ad hoc sesuai Pasal 43 ayat (2) UU No. 26 Tahun 2000, demikian pula dengan peristiwa kekerasan lainnya seperti Pembunuhan Munir Said Thalib, Pembunuhan Salim Kancil, kekerasan terhadap massa aksi Reformasi Dikorupsi, pembunuhan Pendeta Yeremia, dan kekerasan terhadap warga di Pulau Rempang yang juga belum menemukan titik terang hingga pada akhirnya para penjahat HAM masih terus berkeliaran sementara luka para korban dan keluarganya terus dibiarkan menganga.
Pembangunan yang dibarengi dengan berbagai bentuk praktik kekerasan justru menunjukkan minimnya pemahaman prinsip bisnis dan HAM dalam sektor pembangunan, di akhir masa jabatannya pun, dirinya gencar mengambil jalan pintas penyelesaian kasus dengan mengeluarkan kebijakan Tim Penyelesaian Non-Yudisial Pelanggaran HAM yang Berat (Tim PPHAM) yang perencanaan dan pelaksanaannya tidak melibatkan korban, tidak menyentuh substansi permasalahan, dan menjadi ajang cuci dosa negara semata, pidato pengakuan Presiden Joko Widodo juga tidak menyebutkan peristiwa Tanjung Priok 1984 sebagai salah satu peristiwa pelanggaran berat HAM dan kasus-kasus lainnya yang telah ditetapkan oleh Komnas HAM sebagai pelanggaran berat HAM.
Atas hal tersebut, sudah seharusnya sirine #PeringatanDarurat #JambiMenghitam kita gaungkan bersama-sama untuk memberikan alarm bahaya karena penjahat HAM masih terus berkeliaran, hal ini tentu memerlukan tindakan serius dari Presiden yang menginstruksikan Kementerian Koordinator Politik, Hukum, dan Keamanan (Kemenkopolhukam) untuk melakukan koordinasi dengan Kejaksaan Agung terkait penyelesaian kasus Pelanggaran HAM Berat sesuai mekanisme hukum, Jaksa Agung untuk menyelesaikan pelanggaran HAM berat masa lalu lewat jalur yudisial dengan menindaklanjuti laporan penyelidikan Komnas HAM ke tingkat penyidikan dan penuntutan, serta Presiden segera menetapkan arahan untuk penyelesaian kasus pelanggaran HAM berat melalui jalur yudisial dengan menerbitkan sebuah Keputusan Presiden (Keppres) terkait dengan mekanisme penyelesaian kasus yang melibatkan Kejaksaan Agung dan Komnas HAM maupun untuk melakukan perbaikan institusi keamanan secara serius untuk mencegah terjadinya keberulangan peristiwa kekerasan dan pelanggaran HAM di masa mendatang.
